Linus Baker, een sociaal werker, krijgt van het Ministerie van Toezicht Magische Jeugd een geheimzinnige opdracht die zijn saaie leven helemaal op z'n kop zet. Halsoverkop moet hij de trein nemen naar het eiland Marsyas om daar het lokale weeshuis te controleren. Het gaat hier echter niet om een gewoon weeshuis. De zes kinderen zijn op z'n zachtst gezegd uniek. Directeur Arthur Parnassus doet er alles aan om aan Linus te bewijzen dat het voortbestaan het weeshuis essentieel is voor de kinderen...